网络食品交易第三方平台备案的审批部门为注册所在地市场监督管理局。该备案是国家食品药品监督管理局为了规范网络食品经营行为，加强网络食品监管，保障公众饮食安全而要求执行的一项行政许可审批事项。备案流程包括备案咨询、方案设计、申报材料准备、审核辅导和备案跟踪等全过程服务。网络食品交易第三方平台提供者应当在通信主管部门批准后30个工作日内，向所在地省级食品药品监督管理部门备案，取得备案号。

可以线上申请么？

网络食品交易第三方平台备案可以在网上进行线上申请。以北京为例，办理网络食品交易第三方平台提供者备案的企业无需前往窗口现场递交材料，可登录北京市市场监管局网上政务服务平台，线上填报并提交申请。提交申请后，企业当天即可获知审核备案结果，并可在全程电子化平台进行查看、下载、打印。

不过，具体的申请流程和要求可能因地区和政策的不同而有所差异，上海比较特殊需要到注册地所在区市场监督局办公室现场提交材料。建议在申请前查阅当地食品药品监督管理部门的网站或咨询相关部门以获取准确信息。