软件版权登记的无纸化改革涵盖了软件版权质权登记以外的所有业务，实现了在线申请和办理的全面流程。这意味着，包括转让、变更、查询等业务都可以通过在线平台来完成，大大简化了申请流程，提高了效率。

在软件版权登记无纸化之后，申请的入口并没有发生改变，用户无需重新注册账号。这一举措确保了用户在操作过程中的连贯性和便利性。同时，为了确保申请材料的有效性和安全性，申请人需要在申请确认签章页上在线打印并签章，然后按要求上传其扫描件。需要注意的是，申请确认签章页的内容、格式和打印比例都不能擅自更改。

关于电子签章和电子签字的问题，软件版权登记无纸化明确规定，需要签章的申请材料应由本人签字或加盖公章，而不能使用电子章或电子签字。这是为了确保申请材料的真实性和法律效力。

对于合作开发协议等文件，也无需递交纸质版。申请人只需按要求上传相关证明文件原件的照片或扫描件即可。办理转让业务时，证书原件需要邮寄回中心，如果原登记有变更或补充，还需将变更或补充证明原件一并寄回。其他申请材料无需纸质邮寄，实现了全流程的线上办理。

对于补正材料的处理，软件版权登记无纸化之后，补正材料也需在线提交。如果逾期未补正，申请将被视为撤回。补正的时限并没有变化，仍应在30个自然日内完成，否则申请将被视为撤回。用户可以通过中心官网的用户中心－我的登记－软件登记查看相应流水号的详情。

总的来说，软件版权登记无纸化改革通过在线申请和办理的方式，大大简化了申请流程，提高了效率。同时，为了确保申请材料的有效性和安全性，对签章、电子签章和电子签字等问题都有明确的规定。这些举措都有助于推动软件版权保护工作的进一步发展。